Ο Αναστάσιος Βαβούσκος διδάσκει στην Ανωτάτη Εκκλησιαστική Ακαδημία Θεσσαλονίκης με γνωστικό αντικείμενο το Εκκλησιαστικό Δίκαιο, το Κανονικό Δίκαιο, τη Νομική προστασία Εκκλησιαστικών Κειμηλίων, καθώς και την Ερμηνευτική προσέγγιση των ιερών κανόνων.